מחלקת החינוך היסודי אחראית לפיתוח בתי הספר וקידום מערכת חינוך איכותית וערכית. המחלקה יוזמת, מפעילה ותומכת בתהליכים חינוכיים במערכת החינוך, בשיתוך מוסדות החינוך, הנהלת בית הספר וצוותי הניהול והקהילה. המחלקת החינוך חותרת למצוינות, מאפשרת מגוון תכנים לשם גילוי וטיפוח כישרונות ומתן מענה לצרכיהם של כל התלמידים ממגוון האוכלוסיות בבנימין. מחלקת החינוך היסודי פועלת להשבחת דרכי חשיבה, הוראה ולמידה חדשניות ומתוקשבות, העשרת התלמידים בתכנים מגוונים בתחומי המדע, המוסיקה וקידום ההישגים הלימודיים.