האגף פועל לשיפור הביטחון ותחושת הביטחון של התושבים. העלאת הרמת המבצעית של רכזי הביטחון וצוותי מתנדבים ביישובים, שימור ושיפור הקשר עם גורמי הביטחון בשעת חירום ומוכנות מיטבית של היישובים והמועצה לשעת חירום. האגף כולל מספר מחלקות ומדורים מקצועיים אשר פועלים כל אחד בתחום אחריותו.

משימות עיקריות: הכנת היישובים והמועצה לשעת חירום, שיפור ואחזקה של מרכיבי הביטחון ביישובים, אימון והדרכה של צוותי החירום היישוביים, הפעלת מוקד בנימין ביטחוני 24/7, ניהול ובקרה של מערך החירום במועצה תוך שת"פ הדוק בין הגורמים (מד"א, צבא, מ"י, כיבוי אש, איחוד הצלה, מתנדבים, כיתות כוננות), יעוץ, ליווי והכוונת הרבש"צים ביישובים, ניהול ואחזקת מרכיבי הביטחון והבטיחות במוסדות החינוך, הכשרת צוותי בית הספר, ניהול קשרי עבודה שוטפים מול גורמי חוץ בתחום הביטחון (צה"ל, משטרה, משרדי ממשלה, כיבוי אש, מד"א).