אגף תשתיות זורמות עוסק בתחזוקה, תפעול ופיתוח של מערכות המים והשפכים ברחבי המועצה. בכל תקלה ובעיה בנושאי מים ושפכים יש לפנות למוקד 106 של המועצה.