מחלקת תשתיות זורמות אחראית על תפעול מערכות המים רק בשבעה מיישובי המועצה:

אדם, נעלה, שבות רחל, עמיחי, תל ציון, נחליאל, גני מודיעין. וכן על מערכות אספקת המים הראשיות לגבעות מזרחית לשבות רחל.

מחלקת תשתיות זורמות אחראית לבדיקה, אישור ופיקוח על כל התוכניות הקשורות למערכות המים החל מתוכניות אזוריות דרך תוכניות של יזמים וכלה בבתים פרטיים. בנושא זה המחלקה נותנת שרות לכלל יישובי המועצה.

המחלקה נמצאת בקשרי עבודה הדוקים עם חברת מקורות, הן בכל מה שקשור לאספקת המים ביום יום והן בכל מה שקשור לתוכניות עתידיות.

המחלקה מקדמת תוכניות אב למים בכל יישובי המועצה.

המחלקה מבצעת דיגום מים (כימי ובקטריולוגי) בכל יישובי המועצה על פי תוכנית שנתית סדורה המתואמת עם משרד הבריאות ועל פי תקנות בריאות העם – איכותם התברואית של מי שתייה.

תוצאות הדיגום מפורסמות באתר המועצה אחת לרבעון.

המחלקה מבצעת ניקויי וחיטויי לכלל מגדלי וברכות המים של יישובי המועצה אחת לשנתיים וזאת בהתאם לתקנות משרד הבריאות.