תפקידו של מתקן טיהור שפכים הוא להפוך את השפכים המזוהמים לקולחים ברמת טיהור גבוהה (קולחים שלישוניים) המאפשרת שימוש לחקלאות או הזרמה ופיזור לסביבה מבלי לגרום לזיהום הסביבה, נחלים ומאגרי מי תהום.

טכניקת הטיפול והטיהור מבוססת על תהליכיים ביולוגיים ופיזיקוכימיים.

ברחבי המועצה ישנם 14 מתקני טיהור שפכים:

מט"ש שבות רחל – מטפל בשפכי הישוב שבות רחל.

מט"ש שילה – מטפל בשפכי הישוב שילה.

מט"ש עלי – מטפל בשפכי הישוב עלי.

​​​​​מט"ש מעלה לבונה – מטפל בשפכי הישוב מעלה לבונה.
*ארבעת המתקנים (שבות, שילה, עלי, לבונה) עתידים להתבטל, השפכים ישאבו ויטופלו במט"ש עמיחי שעתיד לקום. מט"ש עמיחי יהיה מט"ש אזורי של גוש שילה –עלי.

מט"ש כוכב השחר – מטפל בשפכי היישובים כוכב השחר ורימונים.

מט"ש מכמש – מטפל בשפכי הישוב מכמש.

מט"ש נווה צוף –מטפל בשפכי הישוב נווה צוף ובעתיד גם בשפכי הישוב עטרת.

מט"ש נחליאל – מטפל בשפכי הישוב נחליאל – יבוטל בקרוב והשפכים יוזרמו למט"ש כרם רעים

מט"ש כרם רעים – מטפל בשפכי הישוב כרם רעים ובעתיד גם בשפכי נחליאל.

מט"ש נריה – מטפל בשפכי הישוב נריה.

מט"ש טלמון – מטפל בשפכי היושב טלמון.

מט"ש דולב – מטפל בשפכי היושב דולב.
*חמשת המתקנים (נחליאל, כרם רעים, נריה, טלמון, דולב) עתידים להתבטל, השפכים ישאבו ויטופלו במט"ש טלמון האזורי שעתיד לקום. מט"ש טלמון יהיה מט"ש אזורי של גוש טלמונים.

מט"ש נילי – מטפל בשפכי הישובים נילי ונעלה. 

מט"ש בית חורון – מטפל בשפכי הישוב בית חורון.

מחלקת תשתיות זורמות אחראית לבדיקה, אישור, פיקוח וליווי של כל התוכניות של מתקני הטיהור החדשים.

המחלקה מתחזקת בצורה סדירה את כל מתקני הטיהור, מדובר כאמור ב 14 מתקנים.

התחזוקה כוללת: ביקורים קבועים לצורך מעקב, פינויי פסולת ממתקני הקדם של המתקנים, מעקב על לוחות החשמל והבקרה, שיפוץ יזום של המכלולים האלקטרומכניים, מעקב אחרי התהליכים הביולוגיים והפיזיקוכימיים, ביצעו בדיקות מעבדה, דיווח לרשויות על תוצאות הדיגום

למחלקה יש מעבדה מוסמכת בה מבוצעות הבדיקות השונות לצורך המעקב אחרי התהליכים במתקני הטיהור.

לכל מתקני הטיהור יש מערכות בקרה המדווחות על מצב המתקנים ועל תקלות שונות בצורה רציפה (ON LINE)

במתקנים הקרובים לבתי תושבים מותקנות מערכות לאיסוף ונטרול ריח.

הקולחים המטוהרים משמשים להשקיה חקלאית היכן שיש וניתן והיכן שאין מפוזרים לסביבה.

בכל הנושאים הללו, הקשורים למערך השפכים, המחלקה מקדמת תוכניות אב בכל יישובי המועצה.