המחלקה לחינוך מיוחד אחראית על טיפול בילדים בעלי צרכים מיוחדים בגילאי 3-21 ופועלת למען שילובם במסגרות חינוכיות בהתאמה לצרכיהם. המחלקה אחראית על: תיאום וניהול ועדות אפיון וזכאות לילדים עם צרכים מיוחדים. ועדות שיבוץ, ומעקב ובקרה על השתלבות התלמיד במסגרת החינוכית, ריכוז נושא סייעות, טיפול בקבלת זכאות לסיוע רפואי לתלמידים בחינוך הרגיל, פיתוח והכשרת מקצועית של סייעות החינוך המיוחד, ריכוז שעות תמיכה לחינוך מיוחד, השגת תקציבים ייעודיים להצטיידות והנגשות וריכוז נושא ההסעות של תלמידי החינוך המיוחד.